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海洋青铜小单孢菌FIM 02-523全基因组测序及分析

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海洋青铜小单孢菌FIM 02-523全基因组测序及分析

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产品描述
作者
方志锴;江红;林风;连云阳*;
刊物名称
中国抗生素杂志
2018
43
11
1364-1370

{Author}: 方志锴;江红;林风;连云阳*;

{Author Address}: 福建省微生物研究所;福建省新药(微生物)筛选重点实验室;

{Journal}: 中国抗生素杂志

{Year}: 2018

{Volume}: 43

{Issue}: 11

{Pages}: 1364-1370

{Keywords}: M.chalcea FIM 02-523;全基因组测序;生物合成基因簇;Rakicidins;生物合成途径

{Abstract}: 青铜小单孢菌(Micromonospora chalcea, M. chalcea)FIM 02-523能够合成对乏氧肿瘤细胞、艰难梭菌等具有活性的环脂肽类化合物rakicidins。利用Illumina HiSeq高通量测序平台,本研究首次对M. chalcea FIM 02-523进行全基因组测序,得到总长约6.74Mb的序列信息。分析表明基因组GC含量为72.89%,包含了6167个蛋白编码序列。利用AntiSMASH预测基因组中存在19个生物合成基因簇。结合PKS/NRPS生物合成特征和rakicidins化学结构特点,定位到了rakicidins的生物合成基因簇,并初步推测其生物合成途径。研究为M. chalcea FIM 02-523的功能基因组学研究和代谢调控提供了理论基础。

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