福建省微生物学会是由全省微生物学科技工作者和单位自愿组成，福建省民政厅依法登记的学术性、公益性与非营利性法人社团组织，是发展福建省微生物学科事业的社会力量。学会前身是1952年成立的中国微生物学会福州分会，至今已走过六十一个春秋，历经十一届理事会，注册登记的会员500多名。早期福州分会挂靠福建医学院，1979年分会恢复活动后正式更名为福建省微生物学会并一直挂靠在福建省微生物研究所。目前下设九个专业委员会，分别是微生物与免疫学专业委员会、抗生素专业委员会、应用微生物专业委员会、食用菌专业委员会、生物技术专业委员会、药用真菌专业委员会、环境微生物专业委员会、临床微生物专业委员会、微生物毒素专业委员会。

福建省微生物学会在省科协、省民政厅的领导下，在中国微生物学会指导下，依靠全省广大会员的共同努力，学会建设取得长足的进步。学会始终坚持正确的政治方向，以学科发展和经济建设为中心，发挥专家优势，普及微生物学知识，推广新技术、新工艺，促进学科水平提高，为地方经济建设和社会进步服务；积极拓展国内外学术交流渠道，以专业委员会为基本单位，组织开展多种形式的学术交流活动；利用地缘优势，积极拓展对台交流，组织开展多形式的两岸交流合作；积极搭建产学研交流平台，重视吸收企业中微生物学科技工作者加入学会组织；弘扬尊重知识、尊重人才的风尚，倡导“献身、创新、求实、协作”的精神；努力培养举荐优秀科技人才，宣扬自主创新的先进事迹，为优秀青年科技工作者脱颖而出搭建平台；学会始终坚持民主办会精神，竭力为科技工作者服务。

作为地方性学术团结，学会保持与中国微生物学会的密切联系，促进会员与全国微生物学科技工作者的交流与联系，先后于1991年和2011年在福州参与成功承办了中国微生物学会第五次和第十次全国会员代表大会，两次大会的组织工作都得到中国微生物学会和参会代表的高度评价。此外，还承办了多次全国性专业学术会议。