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2011年研究所获中国人民共和国科学技术部“十一五国家科技计划执行优秀团队奖”
2007年研究所获全国教科文卫体工系统“模范职工之家”称号
2020年新药筛选研究室获“省直巾帼文明岗”荣誉称号
2018年研究所荣获“第十三届福建省直机关文明单位”称号
2018年研究所工会获“省教科文卫体系统模范职工之家”荣誉称号
2015年新药筛选实验室获“福建省工人先锋号”荣誉称号
2015年研究所获福建省直机关“第十二届(2012-2014年度)文明单位”称号
2014年研究所获中共福建省科学技术厅机关委员会“先进基层党组织”称号
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