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西梭霉素的研制获得1997年国家医药管理局科技进步三等奖。西梭霉素是由小单孢菌产生的广谱、高效的氨基糖甙类抗生素，是合成乙基西梭霉素的原料药。临床适用于尿路、肠道、呼吸道、皮肤软组织等细菌感染疾病治疗。我所开展的西梭霉素研究列入国家“七五”攻关项目，1992年通过技术鉴定并获卫生部新药证书和生产批文。该品种在福州某企业投入生产并成功推向市场，与浙江某药厂合作开发的以西梭霉素为原料合成的乙基西梭霉素
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庆大霉素是一种氨基糖苷类广谱抗生素，主要用于治疗细菌感染，尤其是革兰氏阴性菌引起的感染。六十年代，我所在国内率先开展小单孢菌产生的抗生素的研究工作，从福州西湖底泥中筛选到产生庆大霉素的小单孢菌，并将庆大霉素迅速推向生产，在临床上广泛使用，打破了西方国家对我国的封锁.庆大霉素的发现，将中国抗生素研究生产推向一个崭新阶段，为中国医药界做出重大贡献。1978年该科研成果获得全国科学大会奖。
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红色诺卡氏菌细胞壁骨架(N-CWS)项目获1999年福建省科技进步二等奖
红色诺卡氏菌细胞壁骨架(N-CWS)项目获1999年度福建省科技进步二等奖。红色诺卡氏菌细胞壁骨架(N-CWS)是红色诺卡氏菌（Nocardiarubra）通过生物发酵、细胞破碎、蛋白酶处理和溶媒提取精制而成的(CellWallSkeleton)，系生物反应调节剂，其主要成分为诺卡氏菌酸、阿拉伯半乳聚糖和粘肽。其成品胞必佳为白色冻干剂，属生物制品Ⅱ类新药。该研究成果经鉴定属国内领先的高科技成果。
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2011年我所郑卫研究员主持的国家“十一五”“重大新药创制”科技重大专项子课题“创新微生物药物高效筛选与发现技术平台研究”团队，荣获“十一五”国家科技计划执行优秀团队奖，并于2012年获得国家“十二五”科技计划重大专项“创新微生物药物高效筛选与发现技术平台研究”的滚动支持。
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我所于1992年开展西罗莫司的研究，2005年获得免疫抑制剂西罗莫司及其口服液(瑞帕明)二类新药证书【国药证字H20050766、国药证书H20050767】。 西罗莫司 西罗莫司口服液
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我所经多年研究，成功开发西索霉素的发酵、提取纯化工艺，并于1992年分别获得硫酸西索霉素原料药、硫酸西索霉素注射液新药证书【92卫药证字X-116号、92卫药证字X-117号】。 硫酸西索霉素 硫酸西索霉素注射液
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