基于研究所在微生物新药研发和产业化工作的良好基础，福建省科学技术厅和福建省发展和改革委员会支持建立了“福建省生物产业技术研究院有限公司”、“福建省微生物药物试验中心有限公司”，开展微生物药物工程化技术研究，推进科研成果产业化进程。

在深化科技体制改革中,为加速新品种开发和推进科研成果产业化,2000年研究所下属企业福建省微生物药物试验中心与外商合作建立了福建省科瑞药业有限公司,生产经营新抗生素,新型免疫抑制剂等微生物药物及其制剂,是集科研、生产、经营为一体的小型高科技制药企业。