为发挥研究特色，加强创新药物研究，研究所建立了福建省新药（微生物）筛选重点实验室、微生物新药研制技术国家地方联合工程研究中心（福建）、福建省微生物健康产品技术创新平台、福建省化药技术重大研发平台、福建省红曲微生物技术开发应用工程研究中心、福建省微生物新药自动发酵平台、福建省红曲菌种资源及其产业化综合开发技术服务平台、福建省微生物分析检测技术公共服务平台、福建省药品再评价研究公共服务平台、福建省药物制剂技术研发平台、福建省微生物及化学制药行业技术开发基地和福州市生物制药行业技术创新中心12个研发平台。